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Bioinformatique et biologie des systèmes du cancer (équipe émergente IRCM)

Responsable : Jacques Colinge
 
Institut de Recherche en
Cancérologie de Montpellier
Campus Val d’Aurelle
34298 Montpellier cedex 5
Tél. : 33 (0)4 67 61 23 92
Fax : 33 (0)4 67 61 37 87
jacques.colinge@inserm.fr
 
Projet scientifique
 

L’équipe bioinformatique et biologie des systèmes du cancer est un nouveau groupe de recherche purement computationnel à l’IRCM. Nous appliquons les méthodes de l’analyse de grand jeux de données et de la biologie des systèmes à la recherche dans le domaine du cancer. Nous sommes particulièrement intéressés par l’utilisation des réseaux d’interactions biologiques dans ce but. Les principaux thèmes que nous voulons développer sont : la médecine personnalisée ; les méchanismes d’action des drogues utilisées dans le traitement des tumeurs, leurs effets secondaires et la découverte de nouvelles indications ; les thérapies combinées ; la modélisation de réseaux biologiques à différentes échelles.

Nous sommes aussi intéressés par le développement de modèles statistiques et mathématiques requis par certaines technologies de pointes utilisées en biologie du cancer. En particulier, nous développons de tels modèles pour analyser (1) la dynamique des modifications post-traductionnelles (par exemple phosphorylations, acétylations, etc.) grâce aux mesures de spectrométrie de masse quantitative, et (2) les interaction de protéines via des données de purification par immunoprécipitation combinées à de la spectrométrie de masse (complexes de protéines, interactions drogue-protéines ou acides nucléiques-protéines).
 

 

 

 
Publications récentes

 

Boulos RE, Tremblay N, Arneodo A, Borgnat P, Audit B. Multi-scale structural community organisation of the human genome. BMC Bioinformatics. 2017 Apr 11;18(1): 209. doi: 10.1186/s12859-017 - 1616-x.

 

Sobecki M, Mrouj K, Colinge J, Gerbe F, Jay P, Krasinska L, Dulic V, Fisher D. Cell cycle regulation accounts for variability in Ki-67 expression levels. Cancer Res. 2017 Mar 10. pii: canres.0707.2016. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-16-0707. [Epub ahead of print]

 

Martins R, Maier J, Gorki AD, Huber KV, Sharif O, Starkl P, Saluzzo S, Quattrone F, Gawish R, Lakovits K, Aichinger MC, Radic-Sarikas B, Lardeau CH, Hladik A, Korosec A, Brown M, Vaahtomeri K, Duggan M, Kerjaschki D, Esterbauer H, Colinge J, Eisenbarth SC, Decker T, Bennett KL, Kubicek S, Sixt M, Superti-Furga G, Knapp S. Heme drives hemolysis-induced susceptibility to infection via disruption of phagocyte functions. Nat Immunol. 2016 Dec;17(12):1361-1372. doi: 10.1038/ni.3590. 

 

Hart RJ, Cornillot E, Abraham A, Molina E, Nation CS, Ben Mamoun C, Aly AS. Genetic Characterization of Plasmodium Putative Pantothenate Kinase Genes Reveals Their Essential Role in Malaria Parasite Transmission to the Mosquito. Sci Rep. 2016 Sep 20;6:33518. doi: 10.1038/ srep 33518.

 


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