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Bioinformatique et biologie des systèmes du cancer : J. Colinge

Sommaire

Notre recherche actuelle se réparti selon deux axes majeurs. Tout d’abord, le développement et le déploiement de méthodes d’inférence de réseaux biologiques intracellulaires (signalisation, transcription), mais aussi intercellulaires impliquant le microenvironnement. Ensuite, au travers de collaborations, nous appliquons ces méthodes à l’études de cohortes de tumeurs spécifiques. Nos objectifs sont généralement d’identifier des modules fonctionnels actifs, des mécanismes de résistance ou encore des cibles thérapeutiques potentielles. Une majorité de nos projets impliquent désormais la biologie spatiale et en cellules uniques.
Par ailleurs, nous développons aussi différents modèles mathématiques pour la protéomique computationnelle, l’étude de l’ADN circulant ou de la nanomécanique (rigidité) des tumeurs.

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Publications

Borg J-P, Colinge J, Ravel P Modular response analysis reformulated as a multilinear regression problem. Bioinformatics. 2023-04-06. doi:10.1093/bioinformatics/btad166

Villemin J-P, Bassaganyas L, Pourquier D, Boissière F, Cabello-Aguilar S, Crapez E, Tanos R, Cornillot E, Turtoi A, Colinge J Inferring ligand-receptor cellular networks from bulk and spatial transcriptomic datasets with BulkSignalR. Nucleic Acids Res. 2023-05-05. doi:10.1093/nar/gkad352

Giguelay A, Turtoi E, Khelaf L, Tosato G, Dadi I, Chastel T, Poul M-A, Pratlong M, Nicolescu S, Severac D, Adenis A, Sgarbura O, Carrère S, Rouanet P, Ychou M, Pourquier D, Colombo P-E, Turtoi A, Colinge J The landscape of cancer-associated fibroblasts in colorectal cancer liver metastases. Theranostics. 2022;12(17):7624-7639. doi:10.7150/thno.72853

Tosato G, Rivière B, Valats J-C, Debourdeau A, Flori N, Pourquier D, Fabre J-M, Assenat E, Colinge J, Turtoi A Detection of soluble biomarkers of pancreatic cancer in endoscopic ultrasound-guided fine-needle aspiration samples. Endoscopy. 2022;54(5):503-508. doi:10.1055/a-1550-2503

Cabello-Aguilar S, Alame M, Kon-Sun-Tack F, Fau C, Lacroix M, Colinge J SingleCellSignalR: inference of intercellular networks from single-cell transcriptomics. Nucleic Acids Res.. Mar 20, 2020. doi:10.1093/nar/gkaa183


Equipe

Responsable : Jacques Colinge
 

Institut de Recherche en
Cancérologie de Montpellier
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34298 Montpellier cedex 5


 

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Fax : 33 (0)4 67 61 37 87
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