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Plateforme d'Onco-métabolomique Translationnelle (PLATON)

Le plateau d’oncométabolomique translationnelle, dirigé par Andreï Turtoï propose des analyses en métabolomiques en LC-MS/MS et GC-MS/MS ciblées et non-ciblées. Nous proposons un service complet, allant de la préparation des échantillons à l'analyse et au traitement des données, ainsi que du développement de nouvelles méthodes d'analyse.

 La plateforme est ouverte à tout scientifique de Montpellier, hors Montpellier, académique et privée. 

Services de la plateforme

      1. Préparation des échantillons

Nos protocoles d'extraction et de purification des métabolites sont adaptés à divers types de matériels biologiques, tels que les cellules, les tissus, le sérum, et bien d'autres. L'objectif est simple : extraire et purifier les métabolites d'intérêt dans des conditions optimales pour garantir des résultats pertinents et fiables.

      2. Analyses

         a. Approche ciblée

La métabolomique ciblée est souvent utilisée pour étudier certaines voies métaboliques, suivre des biomarqueurs ou évaluer l'impact d'un traitement. Cette approche permet de quantifier de manière absolue ou relative un ou plusieurs métabolites dans une matrice donnée. Sur notre plateforme, nous avons développé plusieurs méthodes pour analyser différentes familles de composés :

     - Métabolites généraux (Acide aminé, Acide organique, Nucléotides…)

     - Métabolisme énergétique (Cycle de Krebs, Glycolyse)

     - Lipidome (Phospholipide, Glycolipide, Sphingolipide, Acide gras)

     - Médiateurs lipidiques (AGPI/PUFAs, Oxylipines)

Nous développons en continu de nouvelles méthodes ciblées pour enrichir notre catalogue de prestations et proposons également le développement de méthodes sur demande de nos collaborateurs.

                          b.    Approche non-ciblée
La métabolomique non-ciblée est une approche analytique qui vise à explorer l'ensemble des métabolites présents dans un échantillon biologique. Elle fournit un aperçu global du métabolome pour aider à formuler des hypothèses de recherche. Cette approche est particulièrement adaptée à la recherche de biomarqueurs et à l'identification de voies métaboliques altérées.
                                

3.    Traitement des données
Dans le cadre des analyses ciblées, la présence et l'abondance de chaque composé sont soigneusement vérifiées puis normalisées pour obtenir des résultats fiables et exploitables. Les données sont restituées sous forme de liste, précisant l'identité des composés détectés ainsi que leur abondance absolue ou relative.

Exemple d’analyse ciblée n°1 : Quantification absolue du tryptophane dans des cellules HT29 contrôles et traitées à la metformine.

Exemple d’analyse ciblée n°2 : représentation graphique réalisée sur R d’une analyse ciblée des métabolites primaires dans des cellules HT29 contrôles et traitées à la metformine.

Dans le cadre des analyses non ciblées, nous proposons de former nos collaborateurs à l'utilisation d'un logiciel dédié, Compound Discoverer. Intuitif et facile à utiliser, ce logiciel est capable de traiter les données avec une grande efficacité et de produire des représentations graphiques pertinentes. Cela permet de visualiser et d'extraire rapidement les métabolites qui varient significativement.

PRINCIPALES PUBLICATIONS
https://star-protocols.cell.com/protocols/2933 
https://star-protocols.cell.com/protocols/2925
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34986331/
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38744292/

Équipe :
Responsable scientifique : Andrei Turtoï, PhD
Ingénieur d’étude : Sylvain Henry (permanent)
Ingénieur d’étude : Marius Jouan (CDD)
Tel: +33 (0)4 11 28 31 88 

Un devis sera fourni pour toute demande de prestation ou de collaboration.