Recherche
Bioinformatique et biologie des systèmes du cancer : J. Colinge

Activités

Nous recherchons des structures informatives au sein de jeux de données omiques par la biologie des systèmes et le machine learning. Nous appliquons nos méthodes au cancer et autres pathologies.

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Principales Publications

Lehmann S, Vialaret J, Gabelle A, Bauchet L, Villemin J-P, Hirtz C, Colinge J Enabling population protein dynamics through Bayesian modeling. Bioinformatics. 2024;40(8):btae484. doi:10.1093/bioinformatics/btae484

Honda C, Kurozumi S, Fujii T, Pourquier D, Khellaf L, Horiguchi J, Oyama T, Shirabe K, Colinge J, Yokobori T, Turtoi A Cancer-associated fibroblast spatial heterogeneity and EMILIN1 expression in the tumor microenvironment modulate TGF-? activity and CD8+ T-cell infiltration in breast cancer. Theranostics. 2024;14(5):1873-1885. doi:10.7150/thno.90627

Villemin J-P, Bassaganyas L, Pourquier D, Boissière F, Cabello-Aguilar S, Crapez E, Tanos R, Cornillot E, Turtoi A, Colinge J Inferring ligand-receptor cellular networks from bulk and spatial transcriptomic datasets with BulkSignalR. Nucleic Acids Res. 2023-05-05. doi:10.1093/nar/gkad352

Giguelay A, Turtoi E, Khelaf L, Tosato G, Dadi I, Chastel T, Poul M-A, Pratlong M, Nicolescu S, Severac D, Adenis A, Sgarbura O, Carrère S, Rouanet P, Ychou M, Pourquier D, Colombo P-E, Turtoi A, Colinge J The landscape of cancer-associated fibroblasts in colorectal cancer liver metastases. Theranostics. 2022;12(17):7624-7639. doi:10.7150/thno.72853

Cabello-Aguilar S, Alame M, Kon-Sun-Tack F, Fau C, Lacroix M, Colinge J SingleCellSignalR: inference of intercellular networks from single-cell transcriptomics. Nucleic Acids Res.. Mar 20, 2020. doi:10.1093/nar/gkaa183


Equipe

Responsable : Jacques Colinge
 

Institut de Recherche en
Cancérologie de Montpellier
Campus Val d’Aurelle
34298 Montpellier cedex 5


 

Tél. : 33 (0)4 11 28 31 18
jacques.colinge@inserm.fr

 

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