Recherche
Bioinformatique et biologie des systèmes du cancer : J. Colinge

Sommaire

Notre recherche actuelle se réparti selon trois axes.

 

Axe 1 : Inférence de réseaux biologiques intra (signalisation, transcription) mais aussi extra-cellulaires (microenvironnement tumoral) afin d’identifier des modules fonctionnels actifs. Nous appliquons ces méthodes à des tumeurs rares et agressives ou des métastases qui résistent aux traitements de base. Nous tentons de découvrir les mécanismes de résistance et surtout des cibles capables de briser la résistance.

 

Axe 2 : Inférence de réseaux partant d’expériences de perturbation. Nous avons plusieurs projets où la connaissance détaillée, quantitative du couplage entre les entités d’un réseau biologique identifié est nécessaire ainsi que la capacité de prédire la réponse du réseau. En appliquant et étendant les méthodes MRA (modular response analysis, Kholodenko) nous prédisons des réseaux pondérés et orientés.

 

Axe 3 : Protéomique computationnelle. Notre principal projet consiste à établir (avec nos partenaires cliniciens) un cadre expérimental et computationnel permettant la mesure in vivo des paramètres cinétiques des protéines dans des biofluides de patients. Nous avons déjà assemblé des pipelines bioinformatiques et mathématiques qui nous ont permis de réaliser de telles mesures dans le LCR et le plasma. Nous voulons explorer une nouvelle classe de biomarqueurs attachés à la vitesse d’élimination des protéines ou aux passages à travers des barrières biologiques qui seraient altérés dans certaines pathologies (p.ex. Alzheimer).

                                                 Lire la suite

Publications

Alame M, Cornillot E, Cacheux V, Tosato G, Four M, Oliveira L, Gofflot S, Delvenne P, Turtoi E, Cabello-Aguilar S, Nishiyama M, Turtoi A, Martineau V, Colinge J The molecular landscape and microenvironment of salivary duct carcinoma reveal new therapeutic opportunities. 2019-10-21. doi:10.1101/810028

Lehmann S, Hirtz C, Vialaret J, Ory M, Gras Combes G, Le Corre M, Badiou S, Cristol J-P, Hanon O, Cornillot E, Bauchet L, Gabelle A, Colinge J IN VIVO LARGE SCALE MAPPING OF PROTEIN TURNOVER IN THE HUMAN CEREBROSPINAL FLUID. Anal. Chem.. Nov 15, 2019. doi:10.1021/acs.analchem.9b03328

Sobecki M, Mrouj K, Colinge J, Gerbe F, Jay P, Krasinska L, Dulic V, Fisher D Cell-Cycle Regulation Accounts for Variability in Ki-67 Expression Levels. Cancer Res.. 2017;77(10):2722-2734. doi:10.1158/0008-5472.CAN-16-0707

Muellner M, Mair B, Ibrahim Y, Kerzendorfer C, Lechtermann H, Trefzer C, Klepsch F, Muller A, Leitner E, Macho-Maschler S, Superti-Furga G, Bennett K, Baselga J, Rix U, Kubicek S, Colinge J, Serra V, Nijman S Targeting a cell state common to triple-negative breast cancers. Molecular systems biology. 2015;11. doi:10.15252/msb.20145664

Huber K, Olek K, Muller A, Tan C, Bennett K, Colinge J, Superti-Furga G Proteome-wide drug and metabolite interaction mapping by thermal-stability profiling. Nature methods. 2015;12. doi:10.1038/nmeth.3590


Equipe

Responsable : Jacques Colinge
 

Institut de Recherche en
Cancérologie de Montpellier
Campus Val d’Aurelle
34298 Montpellier cedex 5


 

Tél. : 33 (0)4 67 61 23 92
Fax : 33 (0)4 67 61 37 87
jacques.colinge@inserm.fr

 

PARTENAIRES / FINANCEMENTS


© Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier - 2011 - Tous droits réservés - Mentions légales - Connexion - Conception : ID Alizés