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Bioinformatique et biologie des systèmes du cancer : J. Colinge

Sommaire

Notre recherche actuelle se réparti selon deux axes majeurs. Tout d’abord, le développement et le déploiement de méthodes d’inférence de réseaux biologiques intracellulaires (signalisation, transcription), mais aussi intercellulaires impliquant le microenvironnement. Ensuite, au travers de collaborations, nous appliquons ces méthodes à l’études de cohortes de tumeurs spécifiques. Nos objectifs sont généralement d’identifier des modules fonctionnels actifs, des mécanismes de résistance ou encore des cibles thérapeutiques potentielles. Une majorité de nos projets impliquent désormais la biologie spatiale et en cellules uniques.
Par ailleurs, nous développons aussi différents modèles mathématiques pour la protéomique computationnelle, l’étude de l’ADN circulant ou de la nanomécanique (rigidité) des tumeurs.

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Publications

Lehmann S, Vialaret J, Gabelle A, Bauchet L, Villemin J-P, Hirtz C, Colinge J Enabling population protein dynamics through Bayesian modeling. Bioinformatics. 2024;40(8):btae484. doi:10.1093/bioinformatics/btae484

Honda C, Kurozumi S, Fujii T, Pourquier D, Khellaf L, Horiguchi J, Oyama T, Shirabe K, Colinge J, Yokobori T, Turtoi A Cancer-associated fibroblast spatial heterogeneity and EMILIN1 expression in the tumor microenvironment modulate TGF-? activity and CD8+ T-cell infiltration in breast cancer. Theranostics. 2024;14(5):1873-1885. doi:10.7150/thno.90627

Villemin J-P, Bassaganyas L, Pourquier D, Boissière F, Cabello-Aguilar S, Crapez E, Tanos R, Cornillot E, Turtoi A, Colinge J Inferring ligand-receptor cellular networks from bulk and spatial transcriptomic datasets with BulkSignalR. Nucleic Acids Res. 2023-05-05. doi:10.1093/nar/gkad352

Giguelay A, Turtoi E, Khelaf L, Tosato G, Dadi I, Chastel T, Poul M-A, Pratlong M, Nicolescu S, Severac D, Adenis A, Sgarbura O, Carrère S, Rouanet P, Ychou M, Pourquier D, Colombo P-E, Turtoi A, Colinge J The landscape of cancer-associated fibroblasts in colorectal cancer liver metastases. Theranostics. 2022;12(17):7624-7639. doi:10.7150/thno.72853

Cabello-Aguilar S, Alame M, Kon-Sun-Tack F, Fau C, Lacroix M, Colinge J SingleCellSignalR: inference of intercellular networks from single-cell transcriptomics. Nucleic Acids Res.. Mar 20, 2020. doi:10.1093/nar/gkaa183


Equipe

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Cancérologie de Montpellier
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Fax : 33 (0)4 67 61 37 87
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