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Bioinformatique et biologie des systèmes du cancer (équipe émergente IRCM)

Responsable : Jacques Colinge
 
Institut de Recherche en
Cancérologie de Montpellier
Campus Val d’Aurelle
34298 Montpellier cedex 5

 
Tél. : 33 (0)4 67 61 23 92
Fax : 33 (0)4 67 61 37 87
jacques.colinge@inserm.fr
 
Projet scientifique
 

Notre recherche actuelle se réparti selon trois axes.

 

Axe 1 : Inférence de réseaux biologiques intra (signalisation, transcription) mais aussi extra-cellulaires (microenvironnement tumoral) afin d’identifier des modules fonctionnels actifs. Nous appliquons ces méthodes à des tumeurs rares et agressives ou des métastases qui résistent aux traitements de base. Nous tentons de découvrir les mécanismes de résistance et surtout des cibles capables de briser la résistance.

 

Axe 2 : Inférence de réseaux partant d’expériences de perturbation. Nous avons plusieurs projets où la connaissance détaillée, quantitative du couplage entre les entités d’un réseau biologique identifié est nécessaire ainsi que la capacité de prédire la réponse du réseau. En appliquant et étendant les méthodes MRA (modular response analysis, Kholodenko) nous prédisons des réseaux pondérés et orientés.

 

Axe 3 : Protéomique computationnelle. Notre principal projet consiste à établir (avec nos partenaires cliniciens) un cadre expérimental et computationnel permettant la mesure in vivo des paramètres cinétiques des protéines dans des biofluides de patients. Nous avons déjà assemblé des pipelines bioinformatiques et mathématiques qui nous ont permis de réaliser de telles mesures dans le LCR et le plasma. Nous voulons explorer une nouvelle classe de biomarqueurs attachés à la vitesse d’élimination des protéines ou aux passages à travers des barrières biologiques qui seraient altérés dans certaines pathologies (p.ex. Alzheimer).

 

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Principales publications

 

Gene essentiality and synthetic lethality in haploid human cells.

Blomen VA, Májek P, Jae LT, Bigenzahn JW, Nieuwenhuis J, Staring J, Sacco R, van Diemen FR, Olk N, Stukalov A, Marceau C, Janssen H, Carette JE, Bennett KL, Colinge* J, Superti-Furga* G, Brummelkamp* TR.

Science. 2015 Nov 27;350(6264):1092-6. doi: 10.1126/science.aac7557. Epub 2015 Oct 15.

 

Proteome-wide drug and metabolite interaction mapping by thermal-stability profiling.

Huber KV, Olek KM, Müller AC, Tan CS, Bennett KL, Colinge* J, Superti-Furga* G.

Nat Methods. 2015 Nov;12(11):1055-7. doi: 10.1038/nmeth.3590. Epub 2015 Sep 21.

 

Experimental characterization of the human non-sequence-specific nucleic acid interactome.

Dürnberger G, Bürckstümmer T, Huber K, Giambruno R, Doerks T, Karayel E, Burkard TR, Kaupe I, Müller AC, Schönegger A, Ecker GF, Lohninger H, Bork P, Bennett KL, Superti-Furga G, Colinge J.

Genome Biol. 2013 Jul 31;14(7):R81. doi: 10.1186/gb-2013-14-7-r81.

 

Deconvolution of targeted protein-protein interaction maps.

Stukalov A, Superti-Furga G, Colinge J.

J Proteome Res. 2012 Aug 3;11(8):4102-9. doi: 10.1021/pr300137n. Epub 2012 Jul 10.

 

 


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